瑕疵出資分為出資違約，出資評估不實，無權處分出資，非法資金出資，出資貶值五種，瑕疵出資方式不同，就要不同的處理方式。

出資違約：出資違約即為未按期足額出資，出資違約的股東應當按期足額繳納公司章程中規定的各自所認繳的出資額，其他發起人與出資瑕疵股東承擔連帶責任，并且還應向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任，若公司債權人請求未履行或者未全面履行出資義務的股東在未出資本息范圍內對公司債務不能清償的部分承擔補充賠償責任的，人民法院應予支持。

出資評估不實：出資評估不實是指有限責任公司成立后，發現作為設立公司出資的非貨幣財產的實際價額顯著低于公司章程所定價額。出資評估不實的股東應當補足差額，公司設立時其他股東和承擔資產評估、驗資或者驗證的機構承擔連帶責任，若承擔資產評估、驗資或者驗證的機構能證明自己沒過錯的除外。

無權處分出資：無權處分出資即為出資人以不享有處分權的財產出資，無權處分出資的參照善意取得制度予以認定。

非法資金出資：非法資金出資是指以貪污、受賄、侵占、挪用等違法犯罪所得的貨幣出資后取得股權的，為違法犯罪行為予以追究、處罰時，應當采取拍賣或者變賣的方式處置其股權。

出資貶值：出資人以符合法定條件的非貨幣財產出資后，因市場變化或者其他客觀因素導致出資財產貶值，公司、其他股東或公司債權人請求該出資人承擔補足出資責任的，法院不予支持。