1、股東與股東之間因出資產生的股權確認糾紛。  

股東與股東之間因出資產生的股權確認糾紛通常是指隱名出資的情況，即一般股東以他人名義出資，由他人作為掛名股東，但實際出資資金來源于該隱名股東。隱名股東與掛名股東之間簽訂隱名出資協議，約定掛名股東不享有實際權利，一切權利歸隱名股東所有。當雙方就隱名出資協議的效力發生爭議時，就會出現股東確認糾紛。  

2、股東與股東之間因股權轉讓產生的股權確認糾紛。  

股權轉讓雙方因為過失或者其他原因，在股權轉上過程中沒有履行法定的變更登記手續，或者沒有交付股票或出資證明書。依據《公司法》的規定，公司股東名字須記載于股東名冊。有限責任公司股東名字還須記載于公司章程，并屬于工商登記事項。股份有限公司發起人名字為工商登記事項和公司章程應記載事項。在確認股東身份時，以上述文書或登記簿為準。因此，當股東轉讓股權時，必須按照上述規定作相應的變更登記。如果未變更登記，日后就可能發生股權確認糾紛。再者，無記名股票具有證權證券的性質，股東可以憑借其所持有的無記名股票向公司主張股權，如果無記名股東轉讓股權時未交付無記名股票，則受讓人無法證明其股權之存在，從而可能發生股權確認糾紛。  

3、股東與公司之間的股權確認糾紛。  

有時股東與他人之間不存在股權歸屬爭議，但公司不承認股東享有股權。《公司法》規定公司應當備置股東名冊，股東可以憑借股東名冊上的記載，證明其股東身份，從而向公司主張權利，股東也可以憑借股東名冊的記載，向他人主張其股東身份，拒絕他人的不合理請求，如果在出資或者股權轉讓中沒有對股東名冊進行相應記載，公司可以拒絕實際出資人或者股權受讓人主張股權，這樣也會產生糾紛引發訴訟。