中國境內的外商投資企業，在清算過程中，將主要涉及兩方面的稅務問題。一是，清算委員會作為清算期間企業的最高權力機構，將對企業所欠繳的所有稅款進行清理和追繳，包括企業在經營活動期間的所有稅項的匯算清繳，包括極其廣泛復雜。經過確定的所欠稅款，將按照《外商投資企業清算辦法》規定的清償順序予以清償。二是，清算本身也可能產生新的稅賦，例如財產清理過程中固定資產的轉讓處理應當依法繳納流轉稅;員工的補償費用需由企業代為扣繳個人所得稅等。  

一、經營期間欠繳稅款的清理  

(一)欠繳外商投資企業和外國企業所得稅的清理  

1.稅收減免期  

為了更好地吸引外商投資企業，《外商投資企業和外國企業所得稅法》(簡稱《所得稅法》)中的一些稅收優惠，比發達國家和其他部分發達國家更加優惠，使得外商投資者普遍收益?！端枚惙ā返诎藯l對經營期限在十年以上的外商投資企業還有“兩免三減半的”的優惠，如果外商投資企業由于各種原因，實際的經營期限少于十年，其已享受的該項所得稅減、免優惠金額應當補繳。  

2.再投資退稅  

《所得稅法》第十條規定：外商投資企業的外國投資者，將從企業取得的利潤直接再投資于該企業，增加注冊資本，或者作為資本投資開辦其他外商投資企業，經營期不少于五年的，經投資者申請，稅務機關批準，退還其再投資部分已繳納所得稅的40%稅款，國務院另有優惠規定的，依照國務院的規定辦理;再投資不滿五年撤出的，應當繳回已退的稅款。  

另外，外國投資者在中國境內直接再投資舉辦。擴建產品出口企業或者先進技術企業，經營期限或投資期不少于5年的，可以全部退還其再投資部分已繳納的企業所得稅稅款。  

因此，外商投資企業的外國投資者以從中國境內的外商投資企業取得的稅后利潤，再投資于免稅項目的，如果其經營期限或投資期限少于5年即提前終止投資項目，進入清算的，其已退的40%或全部稅款應當繳回。  

退稅額=再投資額/(1-原實際適用的企業所的稅稅率和地方所得稅稅率只和)×原實際適用的企業所得稅稅率×退稅率  

3.地方的財政優惠政策，如果享受優惠政策的外商投資企業經營期限不滿十年的，其已經退回的的稅款也應當在清算中交回地方政府。  

4.預提費用在清算中的處理  

根據《工業企業財務制度》的有關規定，生產型外商投資企業應該根據中方職工的工資總額按月計提14%的職工福利費、2%的工會經費和1.5%的職工教育經費。其中2%的工會經費應該屬于工會財產，而不是清算財產;而14%的職工福利費和1.5%的職工教育經費的余額不可以當作對職工的欠款分配給公司的職工，而應該確認為公司的收益，在清算的匯算清繳中予以調整，合并繳納所得稅。  

(二)欠繳其他稅種的清理  

其他稅種的欠繳一般比較少，一般為地方性的財政優惠政策，如《浦東新區“九五”期間扶持外高橋保稅區經濟發展的若干意見》中，就有對增值稅的財政返還政策。  

(三)未繳稅款  

對于正常經營的企業，除了少數行為稅種如印花稅。契稅等應該在應稅因為發生后一段時間內申報納稅的以外，大部分稅種都要求定期申報。因此，在清算開始后，很有可能由于沒有到申報的期限，而使外商投資企業尚余部分的稅款沒有申報、繳納。另外，對于清算之前延續下來的業務，清算期間仍然可以繼續完成，這些業務也會帶來新的稅賦。  

二、清算期間的稅務事項  

在清算過程中還將進行資產處理，人員遣散安置等活動，都有可能產生新的稅賦。